Ingénieur bio-informaticien en traitement de données omiques - H/F

Ingénieur bio-informaticien en traitement de données omiques - H/F

Limoges

L'entreprise

L'Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l'ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l'innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l'Inserm, c'est intégrer un institut engagé pour la parité et l'égalité professionnelle, la diversité et l'accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l'Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

À propos du poste

Structure Délégation Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine - UMR INSERM 1262 dirigée par Eric PINAUD

A propos de la structure

Les travaux de recherche du laboratoire sont consacrés à l'étude de la lignée cellulaire B, notamment à travers l'étude des régulations moléculaires et cellulaires qui contrôlent son développement et son homéostasie, en physiologie comme en pathologie. https://www.unilim.fr/cribl/.

Mission principale

Contribuer au développement et à la mise en œuvre d'approches bioinformatiques innovantes visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans l'activation, la différenciation et la transformation maligne des lymphocytes B humains. La personne recrutée participera à l'analyse, l'intégration et l'exploitation de données de séquençage à haut débit générées au laboratoire (ainsi que de jeux de données publics), afin d'identifier de nouveaux mécanismes de régulation du génome et du transcriptome des cellules B physiologiques et pathologiques.

Activités principales

• Développer et mettre en œuvre des pipelines d'analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-read Nanopore, LAM-HTGTS, INDUCE-seq, direct RNA-seq, etc.)
• Contribuer à l'analyse des données de transcriptomique afin d'identifier et caractériser des ARN codants et non codants (ARN circulaires, eRNAs, etc.)
• Participer à l'analyse des données de séquençage visant à cartographier les cassures double brin de l'ADN et les événements de recombinaison génomique
• Réaliser les données de séquençage longue lecture (Nanopore) pour la caractérisation de transcrits complexes et de réarrangements génomiques
• Intégrer et réanalyser des jeux de données publics (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, etc.)
• Assurer l'organisation, la traçabilité et la reproductibilité des analyses bioinformatiques (gestion des scripts, versions, pipelines et données)
• Participer à l'interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les chercheurs et étudiants de l'équipe
• Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines du séquençage haut débit, des technologies longue lecture et de l'analyse de données omiques

Spécificités et environnment du poste

La personne recrutée sera intégrée à la structure bioinformatique du laboratoire CRIBL (campus Santé de l'Université de Limoges) et contribuera à son .

Profil recherché

Connaissances

• Participation à l'analyse de données de séquençage haut débit et de données omiques
• Transcriptomique et génomique fonctionnelle
• Notions de biologie moléculaire, génétique et régulation de l'expression génique
• Des connaissances en immunologie et/ou cancérologie constitueraient un atout

Savoir-faire

• Compétences dans la collecte, le traitement et l'analyse de données de séquençage (contrôle qualité, alignement, etc.)
• Utilisation d'un cluster de calcul via un ordonnanceur de tâches (type SLURM)
• Travail sous environnement Linux/Unix
• Maitrise du langage R
• Anglais scientifique

Aptitudes

• Appétence pour l'analyse et l'interprétation de données biologiques
• Capacité à communiquer dans un environnement scientifique pluridisciplinaire
• Travail en équipe, sur plusieurs projets en parallèle

Expériences(s) souhaitée(s)

• Expérience préalable en bioinformatique appliquée aux données de séquençage haut débit
• Une expérience en transcriptomique, séquençage longue lecture ou génomique fonctionnelle serait particulièrement appréciée

Éléments nécessaires pour postuler

Document(s)

Curriculum VitæLettre de motivation