Publiée 20 juillet 2026
Doctorat en Biologie des systèmes computationnelle / Bioinformatique (H/F)
Centre de Nanosciences et de Nanotechnologies
Toulouse, Occitanie 31062, France
CDI
Description du Poste
Sujet De Thèse
Le projet DISCOVER ME, financé par le programme Horizon Europe, marque le lancement du premier projet européen Horizon Europe spécifiquement consacré à l'encéphalomyélite myalgique / syndrome de fatigue chronique (EM/SFC). L'EM/SFC est une maladie sévère, chronique et souvent profondément invalidante. À ce jour, son diagnostic repose exclusivement sur des critères cliniques, ce qui entraîne fréquemment de longs délais diagnostiques et impose une charge importante aux personnes concernées.
Le/La doctorant(e) travaillera sur la cartographie de la maladie EM/SFC et simulations in silico à l'aide de modèles logiques à grande échelle. Pour cela, il/elle devra :
- Développer une carte de maladie complète et computable de l'EM/SFC, fondée sur des données multi-omiques et des phénotypes cliniques, en conformité avec les standards Systems Biology Graphical Notation (SBGN).
- Réaliser des analyses intégratives multimodales de jeux de données validés, en se concentrant sur les mécanismes convergents et les interactions impliqués dans la physiopathologie de l'EM/SFC.
- Générer et prioriser de nouvelles hypothèses, fondées sur les données, concernant la causalité de la maladie et les points de levier thérapeutiques, en s'appuyant sur le cadre map-to-model.
- Modéliser l'hétérogénéité de la maladie et son évolution dans le temps, notamment les différences entre sous-groupes de patients, afin de mieux comprendre la variabilité des trajectoires cliniques et des réponses aux traitements.
La personne recrutée devra :
- Être titulaire d'un master en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine apparenté.
- Avoir une expérience dans l'analyse de données omiques, notamment scRNA-seq et/ou données bulk.
- Avoir une expérience en modélisation computationnelle de maladies humaines complexes : modèles à base d'agents, modèles booléens, modèles par équations différentielles ordinaires.
- Avoir des compétences en programmation : R, Python.
- Avoir de solides capacités analytiques et aptitude au travail interdisciplinaire.
- Avoir une très bonne maîtrise de l'anglais.
- Avoir la capacité à travailler dans un environnement interdisciplinaire et international.
Votre Environnement de Travail
Dans le cadre de DISCOVER ME, une position de doctorat est ouverte au Centre de Biologie Intégrative (CBI) à Toulouse, unité mixte CNRS - Université de Toulouse, dédiée à la biologie intégrative à différentes échelles. La personne recrutée rejoindra le pôle de Biologie des Systèmes au sein de l'UMR5077 - MCD et sera encadrée par la Prof. Anna Niarakis.
https://cbi-toulouse.fr/en/equipe/pole-de-biologie-des-systemes-en/
Rémunération et avantages
Rémunération
La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€
À propos de l'offre
Référence de l'offre
UMR5077-MARPEL1-024
Section(s) CN / Domaine de recherche
Biologie moléculaire et structurale, biochimie
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
Sujet De Thèse
Le projet DISCOVER ME, financé par le programme Horizon Europe, marque le lancement du premier projet européen Horizon Europe spécifiquement consacré à l'encéphalomyélite myalgique / syndrome de fatigue chronique (EM/SFC). L'EM/SFC est une maladie sévère, chronique et souvent profondément invalidante. À ce jour, son diagnostic repose exclusivement sur des critères cliniques, ce qui entraîne fréquemment de longs délais diagnostiques et impose une charge importante aux personnes concernées.
Le/La doctorant(e) travaillera sur la cartographie de la maladie EM/SFC et simulations in silico à l'aide de modèles logiques à grande échelle. Pour cela, il/elle devra :
- Développer une carte de maladie complète et computable de l'EM/SFC, fondée sur des données multi-omiques et des phénotypes cliniques, en conformité avec les standards Systems Biology Graphical Notation (SBGN).
- Réaliser des analyses intégratives multimodales de jeux de données validés, en se concentrant sur les mécanismes convergents et les interactions impliqués dans la physiopathologie de l'EM/SFC.
- Générer et prioriser de nouvelles hypothèses, fondées sur les données, concernant la causalité de la maladie et les points de levier thérapeutiques, en s'appuyant sur le cadre map-to-model.
- Modéliser l'hétérogénéité de la maladie et son évolution dans le temps, notamment les différences entre sous-groupes de patients, afin de mieux comprendre la variabilité des trajectoires cliniques et des réponses aux traitements.
La personne recrutée devra :
- Être titulaire d'un master en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine apparenté.
- Avoir une expérience dans l'analyse de données omiques, notamment scRNA-seq et/ou données bulk.
- Avoir une expérience en modélisation computationnelle de maladies humaines complexes : modèles à base d'agents, modèles booléens, modèles par équations différentielles ordinaires.
- Avoir des compétences en programmation : R, Python.
- Avoir de solides capacités analytiques et aptitude au travail interdisciplinaire.
- Avoir une très bonne maîtrise de l'anglais.
- Avoir la capacité à travailler dans un environnement interdisciplinaire et international.
Votre Environnement de Travail
Dans le cadre de DISCOVER ME, une position de doctorat est ouverte au Centre de Biologie Intégrative (CBI) à Toulouse, unité mixte CNRS - Université de Toulouse, dédiée à la biologie intégrative à différentes échelles. La personne recrutée rejoindra le pôle de Biologie des Systèmes au sein de l'UMR5077 - MCD et sera encadrée par la Prof. Anna Niarakis.
https://cbi-toulouse.fr/en/equipe/pole-de-biologie-des-systemes-en/
Rémunération et avantages
Rémunération
La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€
À propos de l'offre
Référence de l'offre
UMR5077-MARPEL1-024
Section(s) CN / Domaine de recherche
Biologie moléculaire et structurale, biochimie
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
