Publiée 20 juillet 2026
Doctorat (H/F): développement de méthodes de protéomique sur cellule unique pour l'étude des neuroinfections et de la réponse immunitaire
Centre de Nanosciences et de Nanotechnologies
Toulouse, Occitanie 31077, France
CDI
Description du Poste
Sujet De Thèse
Cette thèse, à dominante méthodologique, vise à développer et valider un ensemble cohérent de méthodes de protéomique sur cellule unique (single-cell proteomics, SCP) par spectrométrie de masse, couvrant toute la chaîne analytique : isolement et préparation sans perte des cellules (robot CellenONE), acquisition haute sensibilité et haut débit (timsTOF SCP, Orbitrap Astral), et traitement bioinformatique des données. L'enjeu est de repousser conjointement les frontières du domaine (sensibilité, profondeur, débit et résolution spatiale) pour des cellules primaires de petite taille.
Les méthodes développées seront éprouvées sur deux applications biologiques complémentaires. L'application principale, le projet ProteoVir (programme « Recherche à risque et à impact » du CNRS), porte sur la protéomique spatiale sur cellule unique des neuroinfections : cartographier, en conservant la topographie du tissu, l'impact d'infections virales neurotropes sur le protéome de cellules individuelles (modèles neuraux, organoïdes cérébraux). L'application secondaire porte sur la modulation fine du protéome des sous-populations de cellules immunitaires au cours de la réponse immunitaire.
Votre Environnement de Travail
La thèse se déroulera à l'Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS, UMR 5089, CNRS / Université de Toulouse), au sein de l'équipe « Protéomique et Spectrométrie de Masse des Biomolécules » dirigée par Odile Schiltz. Cette équipe héberge la plateforme ProteoToul et constitue l'un des nœuds de l'infrastructure nationale en protéomique ProFI. Forte d'une vingtaine de personnes aux expertises complémentaires (spectrométrie de masse, biochimie, bioinformatique), elle est équipée pour la protéomique sur cellule unique : robot d'isolement et de préparation CellenONE, systèmes chromatographiques Evosep, spectromètres de masse ultrasensibles timsTOF SCP et Orbitrap Astral Zoom, et environnement bioinformatique dédié.
La thèse sera encadrée par Odile Schiltz (HDR, directrice de thèse) et Anne Gonzalez de Peredo (co-encadrante). Elle s'inscrira dans un environnement collaboratif national avec les autres nœuds de ProFI (Grenoble et Strasbourg), et les équipes collaboratrices pour (IRIM, Montpellier; CIML, Marseille).
Rémunération et avantages
Rémunération
La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€
À propos de l'offre
Référence de l'offre
UMR5089-ANNGON-005
Section(s) CN / Domaine de recherche
Chimie et vivant
Expérience souhaitée
1 à 4 années
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
Sujet De Thèse
Cette thèse, à dominante méthodologique, vise à développer et valider un ensemble cohérent de méthodes de protéomique sur cellule unique (single-cell proteomics, SCP) par spectrométrie de masse, couvrant toute la chaîne analytique : isolement et préparation sans perte des cellules (robot CellenONE), acquisition haute sensibilité et haut débit (timsTOF SCP, Orbitrap Astral), et traitement bioinformatique des données. L'enjeu est de repousser conjointement les frontières du domaine (sensibilité, profondeur, débit et résolution spatiale) pour des cellules primaires de petite taille.
Les méthodes développées seront éprouvées sur deux applications biologiques complémentaires. L'application principale, le projet ProteoVir (programme « Recherche à risque et à impact » du CNRS), porte sur la protéomique spatiale sur cellule unique des neuroinfections : cartographier, en conservant la topographie du tissu, l'impact d'infections virales neurotropes sur le protéome de cellules individuelles (modèles neuraux, organoïdes cérébraux). L'application secondaire porte sur la modulation fine du protéome des sous-populations de cellules immunitaires au cours de la réponse immunitaire.
Votre Environnement de Travail
La thèse se déroulera à l'Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale (IPBS, UMR 5089, CNRS / Université de Toulouse), au sein de l'équipe « Protéomique et Spectrométrie de Masse des Biomolécules » dirigée par Odile Schiltz. Cette équipe héberge la plateforme ProteoToul et constitue l'un des nœuds de l'infrastructure nationale en protéomique ProFI. Forte d'une vingtaine de personnes aux expertises complémentaires (spectrométrie de masse, biochimie, bioinformatique), elle est équipée pour la protéomique sur cellule unique : robot d'isolement et de préparation CellenONE, systèmes chromatographiques Evosep, spectromètres de masse ultrasensibles timsTOF SCP et Orbitrap Astral Zoom, et environnement bioinformatique dédié.
La thèse sera encadrée par Odile Schiltz (HDR, directrice de thèse) et Anne Gonzalez de Peredo (co-encadrante). Elle s'inscrira dans un environnement collaboratif national avec les autres nœuds de ProFI (Grenoble et Strasbourg), et les équipes collaboratrices pour (IRIM, Montpellier; CIML, Marseille).
Rémunération et avantages
Rémunération
La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€
À propos de l'offre
Référence de l'offre
UMR5089-ANNGON-005
Section(s) CN / Domaine de recherche
Chimie et vivant
Expérience souhaitée
1 à 4 années
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
