Publiée 23 juillet 2026
Doctorant (H/F) en Imagerie cérébrale avancée par IRM de diffusion
Centre de Nanosciences et de Nanotechnologies
Bron, Auvergne-Rhône-Alpes 69675, France
CDI
Description du Poste
Sujet De Thèse
L'IRM de diffusion avancée connaît un essor majeur avec le développement de techniques d'imagerie paramétrique de la microstructure cérébrale, ouvrant de nouvelles perspectives pour le diagnostic et le pronostic des neuropathologies grâce à des biomarqueurs plus spécifiques et précoces.
Cette thèse a pour objectif de développer et mettre en œuvre la méthodologie nécessaire à la production de cartes paramétriques de haute qualité décrivant la microstructure de la substance blanche et de la substance grise cérébrales. Le candidat optimisera la méthode d'IRM de diffusion 3D à haute sensibilité et résolution développée par l'équipe du Dr Bassem Hiba (Tounekti et al., 2018 ; Bihan-Poudec et al., 2023 ; Crombé et al., 2022), sur un scanner préclinique 7 Tesla dédié à l'imagerie du petit animal.
Des données in vivo avancées seront acquises chez le rongeur à l'aide de protocoles exploitant des variations d'encodage de la diffusivité de l'eau, afin de mieux caractériser la microstructure tissulaire. Le doctorant assurera ensuite le pré-traitement et la modélisation des données à l'aide d'algorithmes de pointe, dans le but d'extraire des biomarqueurs microstructuraux robustes et spécifiques de la substance blanche et de la substance grise.
Ce travail se situe à la frontière entre physique médicale, traitement du signal et neurosciences, et donnera lieu à des publications scientifiques et communications en conférences internationales.
Votre Environnement de Travail
La thèse se déroulera au sein du laboratoire d'excellence ISC-MJ (CNRS) à Lyon, dans l'équipe du Dr Bassem Hiba, spécialisée en méthodologie de l'IRM. L'environnement de recherche est fortement multidisciplinaire, à l'interface entre le développement de séquences IRM avancées, le traitement et la modélisation de données d'imagerie cérébrale, et la neurobiologie.
Les travaux expérimentaux seront réalisés sur un scanner IRM préclinique de très haut champ (7T), situé sur la plateforme technologique lyonnaise CERMEP, équipée pour l'imagerie du petit animal. Le traitement des données sera effectué sur un cluster informatique dédié, permettant l'analyse et la modélisation avancée des signaux IRM. Cet environnement offre un cadre stimulant, à la croisée des technologies d'imagerie de pointe et des problématiques fondamentales en recherche biomédicale.
Ce projet de recherche est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) et s'appuie sur un consortium de partenaires complémentaires : des équipes spécialisées en biologie, en charge de la validation in vivo des résultats, et des équipes spécialisées en simulation numérique, chargées de développer une modélisation numérique de la microstructure cérébrale. Le doctorant (H/F) collaborera étroitement avec ces partenaires tout au long de la thèse.
Contraintes et risques
• Expérimentation animale chez le rongeur
• Travail dans l'environnement de l'IRM (champ magnétique intense)
• Contrainte de disponibilité du matériel IRM (créneaux d'acquisition partagés)
Contact
Rémunération et avantages
Rémunération
2 300€ brut mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€
À propos de l'offre
Référence de l'offre
UMR5229-BASHIB-011
Section(s) CN / Domaine de recherche
Pharmacologie - ingénierie et technologies pour la santé - imagerie biomédicale
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
Sujet De Thèse
L'IRM de diffusion avancée connaît un essor majeur avec le développement de techniques d'imagerie paramétrique de la microstructure cérébrale, ouvrant de nouvelles perspectives pour le diagnostic et le pronostic des neuropathologies grâce à des biomarqueurs plus spécifiques et précoces.
Cette thèse a pour objectif de développer et mettre en œuvre la méthodologie nécessaire à la production de cartes paramétriques de haute qualité décrivant la microstructure de la substance blanche et de la substance grise cérébrales. Le candidat optimisera la méthode d'IRM de diffusion 3D à haute sensibilité et résolution développée par l'équipe du Dr Bassem Hiba (Tounekti et al., 2018 ; Bihan-Poudec et al., 2023 ; Crombé et al., 2022), sur un scanner préclinique 7 Tesla dédié à l'imagerie du petit animal.
Des données in vivo avancées seront acquises chez le rongeur à l'aide de protocoles exploitant des variations d'encodage de la diffusivité de l'eau, afin de mieux caractériser la microstructure tissulaire. Le doctorant assurera ensuite le pré-traitement et la modélisation des données à l'aide d'algorithmes de pointe, dans le but d'extraire des biomarqueurs microstructuraux robustes et spécifiques de la substance blanche et de la substance grise.
Ce travail se situe à la frontière entre physique médicale, traitement du signal et neurosciences, et donnera lieu à des publications scientifiques et communications en conférences internationales.
Votre Environnement de Travail
La thèse se déroulera au sein du laboratoire d'excellence ISC-MJ (CNRS) à Lyon, dans l'équipe du Dr Bassem Hiba, spécialisée en méthodologie de l'IRM. L'environnement de recherche est fortement multidisciplinaire, à l'interface entre le développement de séquences IRM avancées, le traitement et la modélisation de données d'imagerie cérébrale, et la neurobiologie.
Les travaux expérimentaux seront réalisés sur un scanner IRM préclinique de très haut champ (7T), situé sur la plateforme technologique lyonnaise CERMEP, équipée pour l'imagerie du petit animal. Le traitement des données sera effectué sur un cluster informatique dédié, permettant l'analyse et la modélisation avancée des signaux IRM. Cet environnement offre un cadre stimulant, à la croisée des technologies d'imagerie de pointe et des problématiques fondamentales en recherche biomédicale.
Ce projet de recherche est financé par l'Agence Nationale de la Recherche (ANR) et s'appuie sur un consortium de partenaires complémentaires : des équipes spécialisées en biologie, en charge de la validation in vivo des résultats, et des équipes spécialisées en simulation numérique, chargées de développer une modélisation numérique de la microstructure cérébrale. Le doctorant (H/F) collaborera étroitement avec ces partenaires tout au long de la thèse.
Contraintes et risques
• Expérimentation animale chez le rongeur
• Travail dans l'environnement de l'IRM (champ magnétique intense)
• Contrainte de disponibilité du matériel IRM (créneaux d'acquisition partagés)
Contact
Rémunération et avantages
Rémunération
2 300€ brut mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€
À propos de l'offre
Référence de l'offre
UMR5229-BASHIB-011
Section(s) CN / Domaine de recherche
Pharmacologie - ingénierie et technologies pour la santé - imagerie biomédicale
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
