Publiée 13 août 2026
Doctorant (H/F) en Biologie du dévelopement (EvoDevo)
Centre de Nanosciences et de Nanotechnologies
Mer, Hauts-de-France 06234, France
CDI
Description du Poste
Sujet De Thèse
Si le rôle de plusieurs voies de signalisation dans la mise en place du système nerveux a déjà été documenté chez l'amphioxus, leur contribution à la neurogenèse - c'est-à-dire la génération et la diversification des types de cellules neuronales - reste largement méconnue aux niveaux transcriptomique et cellulaire. Ce projet vise à combler cette lacune en étudiant les fonctions de quatre voies de signalisation intercellulaires au cours du développement de l'amphioxus : Notch, Wnt, BMP et Hedgehog (Hh). Les travaux s'articulent autour de trois objectifs complémentaires :
(1) Définir les rôles de ces voies dans le développement neural grâce à une approche pharmacologique combinée à une caractérisation phénotypique et à des hybridations in situ de gènes marqueurs.
(2) Identifier les gènes cibles de ces voies par séquençage transcriptomique en masse (RNA-seq en masse) d'échantillons traités par rapport à des échantillons témoins, suivi d'analyses différentielles et d'une validation par hybridations in situ.
(3) Caractériser, au niveau cellulaire, les trajectoires de développement contrôlées par ces voies à l'aide d'une approche transcriptomique de noyaux uniques (RNA-seq noyaux uniques), permettant ainsi la construction d'un atlas cellulaire du système nerveux de l'amphioxus.
Ce projet fait donc appel à des approches en biologie du développement et en transcriptomique comparative. Les missions du doctorant (H/F) seront donc :
- Prendre en charge la stabulation et la ponte d'adultes et la culture d'embryons et de larves d'amphioxus
- Effectuer des traitements pharmacologiques de cultures d'embryons et de larves d'amphioxus
- Mettre en place la caractérisation phénotypique, ainsi que les manipulations d'hybridation in situ
- Gérer la mise en place expérimentale de protocoles de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique
- Analyser bio-informatiquement les données de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique
- Corroborer les données de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique avec des manipulations in vivo chez l'amphioxus
- Présenter les travaux lors de réunions de collaboration et de conférences internationales
- Rédiger des rapports et des articles scientifiques destinés à des revues prestigieuses
- Rédiger une thèse de doctorat pour Sorbonne Université
- Apporter un soutien à d'autres projets de l'équipe
Votre Environnement de Travail
Le projet sera réalisé dans l'équipe EvoInSiDe du Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer (LBDV) (UMR 7009 - CNRS/Sorbonne Université). Le doctorant (H/F) aura donc accès aux services du Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer (LBDV), ainsi qu'aux plateformes de l'Institut de la Mer de Villefranche (IMEV) (moyens à la mer, microscopie, biologie moléculaire, bio-informatique). Le doctorant (H/F) sera encadré par Michael Schubert, directeur de recherche au CNRS, qui co-dirige l'équipe EvoInSiDe. Le projet de doctorat sera rattaché à l'école doctorale Complexité du Vivant (ED 515) de Sorbonne Université. Le doctorant (H/F) aura donc accès aux formations doctorales proposées par Sorbonne Université. Ce projet est financé par l'ANR (Agence Nationale de la Recherche), dans le contexte du projet de recherche ASYMMETRIX (ANR-25-CE13-2434-02) et débutera en octobre 2026.
Contraintes et risques
Le projet comprend des travaux expérimentaux de biologie moléculaire, incluant la manipulation d'échantillons biologiques non pathogènes, d'ARN et de réactifs chimiques. Il implique également l'utilisation d'équipements de laboratoire, notamment de microscopie et potentiellement de séquençage, après une formation appropriée aux procédures et règles d'hygiène et de sécurité. Aucun risque spécifique au-delà de ceux habituellement associés à un laboratoire de biologie moléculaire n'est anticipé. Cependant, le candidat devra respecter les protocoles de sécurité et les bonnes pratiques lors de la manipulation au laboratoire. Etant donné que les amphioxus se reproduisent de manière saisonnière, les horaires de travail pendant la période de reproduction peuvent s'écarter des horaires habituels. En plus des missions scientifiques, des déplacements hors du laboratoire pour la collecte d'animaux sont à envisager.
Rémunération et avantages
Rémunération
La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€
À propos de l'offre
Référence de l'offre
UMR7009-FREBON-051
Section(s) CN / Domaine de recherche
Biologie cellulaire, développement, évolution-développement
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
Sujet De Thèse
Si le rôle de plusieurs voies de signalisation dans la mise en place du système nerveux a déjà été documenté chez l'amphioxus, leur contribution à la neurogenèse - c'est-à-dire la génération et la diversification des types de cellules neuronales - reste largement méconnue aux niveaux transcriptomique et cellulaire. Ce projet vise à combler cette lacune en étudiant les fonctions de quatre voies de signalisation intercellulaires au cours du développement de l'amphioxus : Notch, Wnt, BMP et Hedgehog (Hh). Les travaux s'articulent autour de trois objectifs complémentaires :
(1) Définir les rôles de ces voies dans le développement neural grâce à une approche pharmacologique combinée à une caractérisation phénotypique et à des hybridations in situ de gènes marqueurs.
(2) Identifier les gènes cibles de ces voies par séquençage transcriptomique en masse (RNA-seq en masse) d'échantillons traités par rapport à des échantillons témoins, suivi d'analyses différentielles et d'une validation par hybridations in situ.
(3) Caractériser, au niveau cellulaire, les trajectoires de développement contrôlées par ces voies à l'aide d'une approche transcriptomique de noyaux uniques (RNA-seq noyaux uniques), permettant ainsi la construction d'un atlas cellulaire du système nerveux de l'amphioxus.
Ce projet fait donc appel à des approches en biologie du développement et en transcriptomique comparative. Les missions du doctorant (H/F) seront donc :
- Prendre en charge la stabulation et la ponte d'adultes et la culture d'embryons et de larves d'amphioxus
- Effectuer des traitements pharmacologiques de cultures d'embryons et de larves d'amphioxus
- Mettre en place la caractérisation phénotypique, ainsi que les manipulations d'hybridation in situ
- Gérer la mise en place expérimentale de protocoles de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique
- Analyser bio-informatiquement les données de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique
- Corroborer les données de RNA-seq en masse et de RNA-seq en noyau unique avec des manipulations in vivo chez l'amphioxus
- Présenter les travaux lors de réunions de collaboration et de conférences internationales
- Rédiger des rapports et des articles scientifiques destinés à des revues prestigieuses
- Rédiger une thèse de doctorat pour Sorbonne Université
- Apporter un soutien à d'autres projets de l'équipe
Votre Environnement de Travail
Le projet sera réalisé dans l'équipe EvoInSiDe du Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer (LBDV) (UMR 7009 - CNRS/Sorbonne Université). Le doctorant (H/F) aura donc accès aux services du Laboratoire de Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer (LBDV), ainsi qu'aux plateformes de l'Institut de la Mer de Villefranche (IMEV) (moyens à la mer, microscopie, biologie moléculaire, bio-informatique). Le doctorant (H/F) sera encadré par Michael Schubert, directeur de recherche au CNRS, qui co-dirige l'équipe EvoInSiDe. Le projet de doctorat sera rattaché à l'école doctorale Complexité du Vivant (ED 515) de Sorbonne Université. Le doctorant (H/F) aura donc accès aux formations doctorales proposées par Sorbonne Université. Ce projet est financé par l'ANR (Agence Nationale de la Recherche), dans le contexte du projet de recherche ASYMMETRIX (ANR-25-CE13-2434-02) et débutera en octobre 2026.
Contraintes et risques
Le projet comprend des travaux expérimentaux de biologie moléculaire, incluant la manipulation d'échantillons biologiques non pathogènes, d'ARN et de réactifs chimiques. Il implique également l'utilisation d'équipements de laboratoire, notamment de microscopie et potentiellement de séquençage, après une formation appropriée aux procédures et règles d'hygiène et de sécurité. Aucun risque spécifique au-delà de ceux habituellement associés à un laboratoire de biologie moléculaire n'est anticipé. Cependant, le candidat devra respecter les protocoles de sécurité et les bonnes pratiques lors de la manipulation au laboratoire. Etant donné que les amphioxus se reproduisent de manière saisonnière, les horaires de travail pendant la période de reproduction peuvent s'écarter des horaires habituels. En plus des missions scientifiques, des déplacements hors du laboratoire pour la collecte d'animaux sont à envisager.
Rémunération et avantages
Rémunération
La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu'à 300€
À propos de l'offre
Référence de l'offre
UMR7009-FREBON-051
Section(s) CN / Domaine de recherche
Biologie cellulaire, développement, évolution-développement
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d'associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
